Plany na "zagospodarowanie" drewnianego zabytku rodziły się w głowach parafian a przede wszystkim proboszcza parafii księdza Wacława Rybki. Myślano o przeniesieniu go do skansenu w Kolbuszowej. Nawet poczyniono starania o przeprowadzenie takiej operacji i uzyskano akceptację dla tego pomysłu kościelnych władz diecezjalnych. Niszczejące ogrodzenie miało zniknąć a pozostawione obeliski dawnych dobroczyńców i fundatora kościoła miały tylko przypominać o istnieniu w tym miejscu parafialnej świątyni. Historia zabytku potoczyła się jednak inaczej.
Decyzja o remoncie dojrzewała kilka lat, aż w 2011 roku proboszcz parafii ksiądz Wacław Rybka wsparty przez grupę parafian Małgorzatę Dubiel z Chrząstówki, Jacka Macka z Szebni, Bogdana Słowika z Szebni, Bogdana Janusza dawnego parafianina z Jaszczwi oraz Wojciech Piękosia z Szebni podjął decyzję o rozpoczęciu renowacji. Równolegle grupa parafian z okolicznych miejscowości powołała Stowarzyszenie Parafii Szebnie "Dziedzictwo", które pomaga przy zbieraniu funduszy na prace remontowe. - Pomagamy księdzu proboszczowi w organizowaniu funduszy na cele remontowe, czy to poprzez zbiórkę wśród parafian czy też poprzez kwestę w dniu Święta Zmarłych. Mamy także pomysły na przywrócenie do życia starego kościoła. Nie zważając na remont zaprosiliśmy w 2011 i 2012 roku parafian na wielkopostne koncerty muzyki poważnej w zabytkowym wnętrzu. Mamy ambicję kontynuować te działania w latach następnych, w terminie bardziej przystępnym dla parafian, czyli w okresie Zesłania Ducha Świętego. - mówi Wojciech Piękoś, prezes Stowarzyszenia "Dziedzictwo".
Przygotowania dokumentacyjne a przede wszystkim opracowywanie wniosków aplikacyjnych do Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Przemyślu, Gminy Jasło oraz o wsparcie unijne poprze Lokalną Grupę Działania "Nowa Galicja" trwały kilka miesięcy 2011 roku.
I tak w czerwcu 2012 roku rozpoczął się dawno oczekiwany remont. Przeprowadzona została zamierzona wymiana podwalin kościoła, wraz ze zmianą dolnej belki zrębowej na całym jego obwodzie. Wykonano też instalację odprowadzenia wód opadowych z otoczenia świątyni. Co więcej udało się odbudować 2/3 zabytkowego ogrodzenia. Koszt prac wyniósł prawie 430 tysięcy złotych, z czego 286 tysięcy pochodziło ze środków zewnętrznych.
Niezależnie od znacznego zaangażowania finansowego parafii zdecydowano o kontynuowaniu prac konserwatorskich w 2013 r. Parafia złożyła wniosek do ministra kultury o pomoc w sfinansowaniu remontu. Aplikacja została dobrze oceniona i minister wsparł remont kwotą 150 tysięcy złotych. Również Wojewódzki Konserwator Zabytków, do którego złożony został wniosek sfinansował część remontu na kwotę 80 tysięcy złotych. Do tego także samorząd Gminy Jasło dołożył 15 tysięcy złotych. Pozostałą kwotę musiała zabezpieczyć parafia, a przede wszystkim parafianie, którzy życzliwie odnoszą się do prowadzonych prac.
W październiku 2013 roku zakończył się kolejny sezon prac remontowych przy szebieńskiej świątyni. Obejmował malowanie dachu, wymianę oszalowania kościoła, wymianę stolarki okiennej i drzwiowej, remont ślepego pułapu na strychu, remont murowanego skarbczyka i kruchty po stronie zachodniej Kościoła. A najważniejsze remont całej instalacji elektrycznej i wykonanie instalacji odgromowej. W trakcie prac okazało się, że wieżyczka na kościele nadaje się jedynie do rozbiórki. Dlatego obok malowania dachu wykonano nową sygnaturkę. Według zapewnień wykonawcy prac remontowych stary kościół w Szebniach został zabezpieczony na kolejne dziesiątki a może nawet setki lat.
W następnym sezonie remontowym (2014 rok) przeprowadzono scalenie estetyczne tras przebiegu instalacji elektrycznej we wnętrzu kościoła, metodą flekowania oraz częściowego kitowania, wraz z scaleniem kolorystycznym; malowanie zewnętrznej elewacji skarbczyka, farbą wapienną w kolorze "złamanej bieli"; remont drewnianej podłogi w zakrystii oraz uzupełnienie tynków wewnętrznych skarbczyka, zaprawą o porównywalnym składzie do istniejącej oraz wymianę zdegradowanych partii tynków, a następnie scalenie kolorystyczne wnętrza skarbczyka przez pobiałkowanie ścian i sklepienia. Koszt prac wyniósł ponad 20 tysięcy złotych, z czego znaczną część pokrył samorząd Gminy Jasło.
Wyremontowana świątynia została wyposażona w nową instalację powiadamiania na wypadek pożaru (instalacja SAP). Koszt remontu prawie w całości (15 tysięcy złotych) pokryty został z funduszy Podkarpackiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Przemyślu.
W sezonie remontowym 2015 odnowiona została zabytkowa dzwonnica. Remont polegał na: skuciu i uzupełnieniu starych zdegradowanych tynków, oczyszczeniu i uzupełnieniu muru ceglanego, oczyszczeniu i zabezpieczeniu kamiennych części konstrukcji, wymianie blaszanego pokrycia dzwonnicy. Murowana parawanowa dzwonnica pochodzi z końca XIX wieku. W 1894 roku staraniem ówczesnego proboszcza ks. Władysława Sarny wybudowana została wolnostojąca dzwonnica, którą wkomponowano w ogrodzenie kościoła. Było to konieczne ponieważ podjęto się rozbudowy kościoła, co wymagało usunięcia starej dzwonnicy zespolonej do tej pory z bryłą świątyni. Koszt prac wyniósł prawie 31 tysięcy złotych, z czego 20 tysięcy złotych parafia otrzymała, w formie dotacji, od wojewódzkiego konserwatora zabytków.
Równolegle trwały prace przy odbudowie ogrodzenia od strony wschodniej kościoła. Jest to kontynuacja robót rozpoczętych w 2012 roku. Postawionych zostało 11 segmentów zabytkowego ogrodzenia. Tym samym szebieńska świątynia zyskała kompletne otoczenie. Koszt prac wyniósł prawie 77 tysięcy złotych. Na realizację tego parafia otrzymała dotację od Gminy Jasło w wysokości 30 tysięcy złotych.
W następnym roku (2016) rozpoczęły się prace przy porządkowaniu otoczenia kościoła. Ułożono część drogi procesyjnej, która jest integralną częścią zabytku. Prace kosztowały 40 tysięcy złotych, z czego parafia otrzymała dotację od Gminy Jasło w wysokości 30 tysięcy złotych. W roku następnym dokończone zostały prace przy układaniu drogi procesyjnej. Ich koszt wyniósł 30 tysięcy złotych (dotacja Gminy Jasło).
Ambicją księdza proboszcza oraz parafian jest znalezienie funkcji użytecznej dla wyremontowanego kościoła. - Mamy plany aby odbywać w drewnianej zabytkowej świątyni wydarzenia artystyczne, w ostatnich dwóch latach były to koncerty muzyki poważnej. W tym roku planujemy aby w jedną z wiosennych niedziel zorganizować koncert muzyczny połączony z parafialnym piknikiem. Mamy nadzieję, że nam się to uda, choć wszystko zależy od finansów - mówi Wojciech Piękoś, prezes Stowarzyszenia. Świątynia również zostanie udostępniona do zwiedzania w okresie wakacyjnym, jest jednym z obiektów na szlaku architektury drewnianej. Kościół został udostępniony na kaplicę przedpogrzebową.
A zatem kolejna zabytkowa drewniana świątynia, nasze dziedzictwo kulturowe, ozdoba podkarpackiego krajobrazu została uchroniona przed zniszczeniem.