Parafia Szebnie istniała już w 1327 roku i w tym czasie wzniesiono zapewne pierwszy kościół parafialny, który jednak nie dotrwał do naszych czasów. Zachowany do dzisiaj drewniany kościół pochodzi z 1605 roku. Z tego czasu jest prezbiterium oraz część zrębu nawy. Późnobarokową stylistykę i podział wnętrza na trzy nawy świątynia uzyskała w 1794 roku.
Dokładnie sto lat później /1894 rok/ w kościele przebudowano nawę, która powiększona została w kierunku północnym. Ponadto do elewacji zachodniej dostawiono przybudówkę – skarbiec.
Spore zniszczenia przyniosła II wojna światowa. Szebnie znalazły się na linii frontu, a działania wojenne w styczniu 1945 roku przyniosły znaczne uszkodzenia w świątyni. „Obraz przerażający. Kościół stał ale ogromnie zniszczony. Dach podziurawiony przez pociski – 11 wielkich wyrw. Ściana wschodnia wyburzona łącznie z ołtarzem Matki Bożej po eksplozji bomby samolotowej. (…) Ołtarz główny „dostał” dwa pociski artyleryjskie. Dwa filary od strony wschodniej przesunięte podmuchem bomby, organy zniszczone, sufit posiekany i obniżony, w ścianach otwory od pocisków” – tak relacjonował zniszczenia ówczesny proboszcz ksiądz Józef Opioła (relacja z książki Zofii Macek „Parafia Szebnie”).
Do remontu przystąpiono natychmiast po przejściu ofensywy. Uzupełniono ubytki ścian i ubytki w pokryciu dachu. Blacha na załatanie dziur w dachu pochodziła ze zniszczonego starostwa powiatowego w Jaśle. Był to ostatni duży remont szebieńskiej świątyni. W 1950 roku położono nową posadzkę (terazzo) w miejsce zniszczonej starej z kamienia. Kilka lat później wykonano polichromię kościoła oraz dokonano konserwacji i odnowienia polichromii ołtarzy i ambony. W 1960 roku zainstalowano organy firmy Riegera pochodzące z kościoła ojców Jezuitów z Tarnopola.
Zabytkowa świątynia służyła parafianom do 2003 roku. Po wybudowaniu i poświęceniu nowego murowanego kościoła w Szebniach drewniany kościół został zamknięty. Od tego czasu postępowało przyspieszone jego niszczenie.